Историко-краеведческий музей Барнаульского государственного педагогического университета был основан приказом ректора за номером 133/1 от 24 июля 1992 года как структурное подразделение Барнаульского государственного педагогического института.

Открытие музея стало возможным, во-первых, с введением в эксплуатацию нового учебного корпуса института (Молодежная, 55), в котором были отведены помещения под выставочный зал, фондохранилище и кабинет заведующего музеем, во-вторых, с накоплением значительного количества материалов для будущего музея силами преподавателей и студентов исторического факультета.

Накопление археологических материалов для будущего музея началось еще в 1950-1980-е годы. Организатором первых научных экспедиций был известный ученый, археолог, исследователь истории Южной Сибири Алексей Павлович Уманский. В экспедициях принимали участие преподаватели и студенты исторического факультета. В эти годы были проведены исследования памятников каменного века (Улалинка - г. Горно-Алтайск), эпохи бронзы (Кытманово, Нижняя Суетка, Плотинная и др.) и древнетюркского (Грязново, Иня и др.) времени.

В 1980-1990-е годы археологические работы проводились М.А. Деминым, А.Н. Телегиным, П.И. Шульгой, В.Б. Бородаевым, С.М. Ситниковым, студентами и аспирантами университета. Среди исследований этих лет следует назвать раскопки в урочище Карбан Республики Алтай (раннескифская и хуннская эпоха), на Чарыше (скифское время и средневековье), в лесостепных районах Алтайского края (раннежелезное, древнетюркское время) и на побережье Гилевского водохранилища (комплекс памятников от палеолита до I тыс. н.э. включительно). В результате раскопок были получены материалы большой исторической и художественной ценности, включая орудия труда и вооружение, предметы быта и украшения.

Найденные памятники относятся к различным эпохам и археологическим культурам. Особый интерес представляет коллекция произведений искусства, отражающая самобытное творчество первобытных сибирских народов и свидетельствующая о широких контактах древнего населения Алтая с соседними культурами и отдаленными цивилизациями Евразии.

Собирание этнографических и вещественных исторических материалов в Барнаульском государственном педагогическом университете началось в середине 1970-х гг. А.Д. Сергеевым. Исследователем были тщательно изучены памятники горно-заводского производства в XVIII - XIX в., Колывано-Кузнецкой оборонительной линии и традиционной крестьянской культуры, как на территории Алтайского края, так и на территории республики Алтай и частично Новосибирской и Кемеровской областей.

С 1990-х годов интенсивное этнографическое обследование Алтайского края ведется под руководством д.и.н., проф. Т.К. Щегловой. Систематически изучаются крестьянские поселенческие комплексы, жилые и хозяйственные постройки, одежда, семейный и производственный быт, верования и народное искусство. Главное внимание уделяется культуре славянского и, прежде всего, русского народа, однако фонды музея содержат материалы по истории тюркских и финно-угорских групп, проживающих на территории края.

В 1998-1999 годы вместе с Алтайской краевой национально-культурной автономией российских немцев были организованы экспедиции в места компактного и дисперсного проживания немецкого населения.

На момент открытия музея общее количество предметов составляло около 31,5 тысяч ед. хр.

В настоящее время фонды историко-краеведческого музея БГПУ содержат более 35 тыс. ед. хр. Среди них преобладают археологические материалы, относящиеся к различным эпохам и археологическим культурам, оставленные представителями разных расовых, этнических и языковых сообществ. Наибольший интерес представляет коллекция произведений искусства, отражающая самобытное творчество сибирских народов и свидетельствующая о широких контактах древнего населения Алтая с соседними культурами и отдаленными цивилизациями Евразии.

Вещественные исторические и этнографические источники составляют более 1,5 тыс. ед. хр. Наиболее полным является собрание по традиционной культуре и хозяйству восточнославянского населения. С 1998г. целенаправленно ведется комплектование коллекций по культуре мордвы, немцев и других народов Алтая. Гордостью музея можно считать собрания орудий обработки технических культур (льна и конопли), орудий прядения, в том числе коллекцию прялок, предметов декоративно-прикладного искусства и др.

В историко-краеведческом музее хранится фонд устных источников и фотоматериалов архива Лаборатории исторического краеведения. Комплектование фонда устных источников началось в первой историко-этнографической экспедиции студентов исторического факультета (1991 г.), когда под руководством Т.К. Щегловой было проведено интервьюирование жителей населенных пунктов Солонешенского района. Сегодня фонд содержит более 1500 часов аудиозаписи уникальных устных исторических и этнографических источников, записанных с 1994 по 2004 г., а также рукописные тексты интервью 1991-1993 гг.

Фотофонд формируется с 1994 г. и насчитывает более 1600 фотографий, отражающих различные аспекты региональной истории и культуры: памятники крестьянского зодчества, промышленной и купеческой архитектуры; предметы быта и декоративно-прикладного искусства; орудия труда и трудовые процессы в современной сельской среде; народы и антропологические типы Алтая и др.

Первые постоянные и временные музейные экспозиции в Барнаульском педагогическом университете создавались с 1960-х годов усилиями А.А. Худякова, А.Д. Сергеева, А.П. Уманского. Однако более полно представить имеющиеся материалы удалось только после ввода в 1991 г. в эксплуатацию нового корпуса университета по ул. Молодежная, 55.

Художественное оформление смотрового зала принадлежит художнику и историку Г.Л.Нихвидавичусу. В 2001 г. была осуществлена реконструкция постоянной экспозиции: изменена структура разделов, экспозиция была дополнена материалами из поступлений 1993-2001 г.

В настоящее время экспозиция музея отражает основные направления исследовательской деятельности Лаборатории исторического краеведения: археология Алтая; этнография Алтая; история горно-заводского производства на территории края.

I раздел экспозиции посвящен древней истории Алтая и построен по хронологическому принципу: от эпохи камня до средневековья. Особое место в экспозиции занимает реконструкция позднескифского захоронения женщины с лошадью. Захоронение (Машенка-I, VII в. д.н.э.) было вскрыто экспедиционной группой БГПУ в 1993 г. в 2 км к северо-востоку от устья реки Сентелек.

II раздел экспозиции посвящен культуре и быту народов Алтая в конце XIX - начале XX вв. и состоит из трех блоков: «Русская изба», «Традиции прядения народов Алтая», «Городская культура и торговля».

III раздел экспозиции посвящен истории горно-заводского производства в бывшем Колывано-Воскресенском (Алтайском) горном округе. Наряду с орудиями труда здесь представлены и образцы горных пород и поделочных камней.

Ежегодно музеем проводятся выставки новых поступлений по итогам археологических и историко-этнографических экспедиций, организуются тематические выставки. Так, в 2001 г. – выставка «Народы Алтая», в 2002 г. – «Полотенце – украшение, символ, подарок», в 2004 г. – «Культура немцев Алтая в XX в» и др. В ноябре 2004 г. впервые была открыта, ставшая постоянной, фотовыставка «Алтайская деревня на рубеже веков».

Музеем совместно с Лабораторией исторического краеведения и кафедрой отечественной истории Барнаульского государственного педагогического университета регулярно проводятся научно-практические конференции и издаются сборники статей по археологии, этнографии и истории Алтая и Сибири.

Основной фонд музея составляет более 35 000 ед. хр.

Посещаемость: более 1 400 студентов, школьников и работников учреждений г. Барнаула и Алтайского края.