Музей основан 29 октября 1918 г. в Горно-Алтайске. История музея начинается с приобретения Каракорум-Алтайской земской управой коллекции известных сибирских краеведов С.И. и Н.С. Гуляевых. Одним из организаторов и первым заведующим музея стал А.В. Анохин.