Историко-краеведческий музей Барнаульского государственного педагогического университета был основан приказом ректора за номером 133/1 от 24 июля 1992 года как структурное подразделение Барнаульского государственного педагогического института.

Открытие музея стало возможным, во-первых, с введением в эксплуатацию нового учебного корпуса института (Молодежная, 55), в котором были отведены помещения под выставочный зал, фондохранилище и кабинет заведующего музеем, во-вторых, с накоплением значительного количества материалов для будущего музея силами преподавателей и студентов исторического факультета.